フルカウルスポーツモデルのYZF-R25をプラットフォームにした、ネイキッド仕様として2015年10月に(2016年モデルとして)国内発売されたのがMT-25だった(2016年モデルとして)ベースはYZF-R25ながら、ハイパーネイキッドのMTシリーズの一員という設定になる。なお、YZF-R25にYZF-R3という姉妹モデルがあったように、MT-25にもMT-03が並行してラインナップされていた。MT-25のエンジンは、249ccの水冷4スト並列2気筒DOHC4バルブユニットで、やや幅広なバーハンドルは、YZF-R25よりも39ミリ高く、19ミリ手前に設定され、ネイキッドらしいキビキビしたライディングを可能にしていた。そんな設定からか、開発のコンセプトとなったのは、「大都会のチーター」。チーターは獲物を狩るとき、長距離を追いかけることはなく、短距離を機敏に動き回って倒すので、そのイメージは外れていなかった。2017年はカラー変更のみ。2018年モデルでは新しい認定型式を取得した。2019年10月2日、インドネシアとタイで新しいMT-25が発表され、ほぼ同時に欧州ではMT-03が発表された。大規模なフェイスリフトが行われ、LEDヘッドライトを採用し、フロントサスは倒立フォークになった。これは2019年にマイナーチェンジ済みだったYZF-R25/3と同様の変化だった。日本市場では2020年3月に発売された。なお、このマイナーチェンジを機に、ABS(アンチロックブレーキシステム)やハザードランプを標準搭載した。2022年モデルで平成32年(令和2年)排出ガス規制をクリアした。