モンスター1000は、モンスター900の後継モデルとして、2003年に登場した。搭載したのは、排気量992ccの空冷Lツイン2バルブ・デュアルスパーク(ツインプラグ)エンジンで、これは同時代のムルティストラーダ1000に搭載されたものと同系統。デュアルスパークであることを示すために、モンスター1000DSと表記されることもあった。登場時には、すでに水冷エンジン搭載のモンスター(S4)がラインナップされており、モンスターシリーズのフラッグシップというわけではなかったが、空冷Lツインン、トレリスフレーム、乾式クラッチ、左右2本出しのマフラーなど、ドゥカティにとって初のネイキッドモデルだったモンスター900のスタイルを、そのまま受け継いだ直接の後継モデルとしてとらえられていた。また、上級仕様として「Sタイプ」(モンスター1000S)もラインナップされた。