1987年に、FZR400のスペシャルバージョンとして初登場したのが、FZR400Rだった。ベースモデルのFZR400をパフォーマンスアップさせるために、エンジン内部(ピストンやコネクティングロッドなど)の軽量化や、1987年モデルのFZR1000で採用されたオイルジェット式のピストンクーラーを備えていた。また、排気系にはヤマハ独自の可変排気システムEXUP(エグザップ)を、限定モデルながら市販車として初採用していた。この、初期型FZR400Rは、公道も走れたが、ロードレース志向のアマチュアライダー向けに設定されたモデル(シングルシート)。その2年後の89年に登場したFZR400Rは、FZR400のモデルチェンジ・バージョンとして、FZR250に対するFZR250Rのような位置付けにあったが、その年の暮れには、さらに進化したFZR400RRがデビューした。