パニガーレV2のスペシャルモデルとして、2021年7月に発表されたのが、「ベイリス1stチャンピオンシップ20周年記念モデル」だった。これは、2001年のスーパーバイク世界選手権(WSBK)で、ドゥカティ996Rを駆るトロイ・ベイリスが、初の王者を獲得してから20年を祝してのもの。ベイリスはその後、2006年(999R)、2008年(1098R)でもチャンピオンに輝き、#21は、ドゥカティにとって特別なゼッケンナンバーとなった。この記念モデルは、単にカラーリングを模したものではなく、ベースモデルのパニガーレV2に対し、足回りにオーリンズを採用(NX30フロントフォーク/TTX36リアショック)し、車両重量はベースモデル比3kgの軽量化がなされていた。サスペンションの違いなどにより、パニガーレV2よりもわずかにホイールベースが長く、シート高は5ミリ低かった。