2001年に登場したZRX1200Rは、ZRX1100のものから、ボアを2ミリ×スロトークを1ミリ拡大して、排気量を1,164ccとした水冷直列4気筒DOHCエンジンを搭載するビッグネイキッド。このエンジンは、GPZ900R用(1984年~)から発展してきたもので、当初の908ccから250cc以上の排気量アップを実現したことになった。排気量がさらに大きくなったことから、熱的に有利なめっきシリンダーに変更されていた。なお、前身のZRX1100シリーズでは、単にZRX1100と呼ばれたモデルがビキニカウル+角型ヘッドライトを備えたが、ZRX1200シリーズでは、ZRX1200Rが、同様の仕様となった。外観イメージは、ZRX1100を踏襲していたが、リアタイヤ幅の拡大、スイングアーム形状の変更、ホイールベースの15ミリ延長などの細かい見直しがなされていた。また、排出ガス規制に対応するための浄化機構も備えていた。バリエーションモデルとして、丸型ヘッドライトのZRX1200(国内販売なし)、大型のハーフカウルを備えたZRX1200S(国内は2004年モデルまで)をラインナップした。ZRX1200Rは、2004年モデルでマイナーチェンジを受け、最高出力などの数値が変わった(5psダウンながら、最大トルク発生回転数が3,500回転時に)。その他、フルスケールメーターの採用やエキゾーストパイプがバフ仕上げステンレスになるなどの変更を受けた。2008年モデルまで生産され、09年には後継モデルのZRX1200ダエグが登場した。