国内ネイキッド最大排気量を持つモデルとして1994年に登場したXJR1200が、2回目のマイナーチェンジを受けたタイミングで発表されたバリエーションモデル、それがXJR1200Rだった。発売は1996年3月のこと。大型のハーフフェアリング(ハーフカウル)を装備して、長距離の高速移動にも対応したツアラー的なキャラクターが設定されていた。伸圧減衰力とイニシャル(初期)調整機構を持つフルアジャスタブルのオーリンズリアサスや3連メーターなどは、同年式のXJR1200のマイナーチェンジと同じ内容。98年にはベースモデルがXJR1300へと進化したが、ハーフカウルモデルは設定されず、結果的に、XJR1200Rが、シリーズ唯一のハーフカウル装備モデルとなった(XJR400R2はビキニカウルだったので)。