ハイパーモタード1100(2007年-)の上級仕様として設定されたのが、ハイパーモタード1100Sだった。Sタイプとしての内容は、チタンコートされたフロントフォーク(マルゾッキ製)や、オーリンズ製のリアサスペンション、ブレンボ製のモノブロックキャリパー、専用の軽量ホイール、カーボン製のフォークカバーを採用していたことなど。排気量1,078ccの空冷Lツイン・デスモドロミック2バルブエンジンなどの基本構成は、スタンダードモデルに同じだった。2009年モデルまで設定され、翌2010年にスタンダードモデルがハイパーモタード1100エボに進化するとともに、Sタイプではなく、SPタイプ(ハイパーモタード1100エボSP)になった(別項)。