2017年に発表された1299パニガーレRファイナルエディションは、大排気量Lツインエンジン（1,285cc）を搭載した1299パニガーレの最終モデルだった（正式なモデルイヤー設定は2018年モデルから）。ただし「R」で「ファイナルエディション」を名乗ってはいるが、前年までに1299パニガーレRというモデルが存在していたわけではない。ドゥカティスーパーバイクにとっての「R」は、スーパーバイクレース用のホモロゲーションモデルであり、そのレギュレーションが「2気筒エンジン車は1,200ccまで」と定めていたことから（当時）、1ドゥカティは、299パニガーレが登場した2015年から2017年まで、1,198ccの「パニガーレR」を、ホモロゲ取得のためにラインナップしていた。そんな中、ドゥカティは、これまでのLツインではなく、V型4気筒のエンジンを搭載するパニガーレV4を開発し、2018年から、1299パニガーレの後継モデルとすることになった。そのため、1299パニガーレの「Rファイナルエディション」は、ドゥカティとして最後のスーパーバイク用Lツインエンジンを搭載した、「最後のスペシャルモデル」という意味が込められていた。このモデルで最後となるエンジンとシャシーではありながら、カムシャフトや吸気ダクトの見直しなどによって1299パニガーレを上回る209HPの最高出力を発生し、最新の6軸IMU（慣性計測装置）を搭載するなど、各部がアップグレードされていた。まさに大排気量Lツインエンジン搭載スーパーバイクの掉尾を飾るにふさわしいモデルだった。
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