スーパーバイクの「Rタイプ」は、ドゥカティにとって、スーパーバイク世界選手権(SBK)に参戦するためのホモロゲーションモデル(出場車として認証を得るための車両)。2013年モデルで新登場した1199パニガーレも、その例に漏れず、SBK参戦用のワークスマシンと同時に開発された。1199パニガーレから搭載されるようになった1,198ccの「スーパークアドロ」エンジンも、その内部から手が加えられ、コネクティングロッド(コンロッド)はチタン製になり、軽量なフライホイールを採用することで、下位の1199パニガーレモデル(Sタイプ)から、それぞれ674g、700gの軽量化が図られていた。また、レブリミットも12,000rpmに引き上げられた。また、ドリブンスプロケット(リアスプロケ)は、Sタイプの39Tから41Tに変更。コーナリングからの脱出加速が、より鋭くなる設定になった。2014年まで設定され、2015年に、スーパーバイクが1299パニガーレ(1,285cc)に進化した後は、数字なしの「パニガーレR」としてラインナップされた。スーパーバイク世界選手権のレギュレーションでは、2気筒エンジンの排気量は、1,200ccまでとなっていたため、パニガーレRは1,198ccのままだった。