2009年に発売された1098R トロイ・ベイリス エディションは、前年(2008年)限りで現役を引退したオーストラリア人ライダー、トロイ・ベイリスの名を冠した特別仕様モデル。ベイリスは、1098(F08)のスーパーバイク世界選手権(SBK)デビュー戦で勝利を飾り、そのままの勢いで自身3度目のチャンピオンに輝いた(すべてドゥカティのマシンで)、ドゥカティにとってのレジェンドライダー。トロイ・ベイリス エディションは、SBKのホモロゲーションモデルである1098Rをベースに、特別色をまとい、トップブリッジにはシリアルナンバーを刻んだプレートが設置されていた。