ホーネットSは、ホーネット600のバリエーションモデルとして、2000年3月に発売された。その関係から言えば、ホーネット600Sと名付けられてもよかったが、ホンダによる名称は、排気量数字無しの「ホーネットS」だった。その特徴は、写真を見ても明らかなように、ホーネット600に、ハーフカウルを装着した、というところ。ロングツアラーとしての性格を持たせたものだった。なお、1999年10月以降に登場する新型モデルは、平成11年排出ガス規制に適合する必要があり、ホーネットSも二次エア導入システムを採用するなどして、規制をクリアしていた。