スーパーヴェローチェSは、2021年モデルとしてシリーズに追加されたニューバリエーション。スーパーヴェローチェ800の上位仕様という位置づけで、スーパーヴェローチェ800が欧州排出ガス規制のユーロ5に適合するための仕様変更を受けた際に同時発表された。そのため、エンジン(798cc水冷4スト並列3気筒DOHC)やトレリスフレームなどの基本構成は、仕様変更後のスーパーヴェローチェ800と共通。クイックシフターやコーナリングABS、トラクションコントロールなどの電子制御システムもアップデートされたものになっていた。「S」仕様にはスポークタイプのホイールやアルカンターラ(人工スエード)表皮のシートなどが採用された。スポークホイールは、シリーズ登場時に限定販売されたセリエオロ(ゴールドシリーズ)やMVアグスタ75周年記念モデルなどに採用されたもの。シートがアルカンターラなのも同様だった。レーシングキットも用意された。※2021年4月発表。日本市場では同年10月に発売された