KR-1は、1989年にはKR-1Sへと生まれ変わった。主に扱いやすさの向上を図ったモデルチェンジで、これまで9,000rpmだったパワーバンドが、8,000rpm前後からとワイド化されている。デフリック(低ロス)コートピストンの採用や、排気デバイス(KIPS)の電子制御化などによるものだった。フレームやサスにも変更が加えられ、使いやすくなったKR-1Sをベースに、SP仕様となるKR-1Rが登場したのはKR-1S登場の半月後。しかし、このKR-1SとKR-1Rが、カワサキ2ストレーサーレプリカの最終モデルとなった。