TDM900は、TDM850の後継モデルとして、2001年に発表された(2002年の新型として)。91年登場(日本では92年)の第1世代、96年登場(日本では98年)の第2世代に続く、「第3世代のTDM」がTDM900という位置づけで、水冷4スト並列2気筒DOHC5バルブエンジンの排気量を897ccまで拡大し、フューエルインジェクションを採用。吸気ダクトは可変式で、フレームは軽量なアルミ製となった。フロントマスク含む外観イメージも一新されたが、TDM850の後継モデルであることは、明らかに示されていた。ミッションはTDM900から6速化された。登場後ほどなく、ABS(アンチロックブレーキシステム)を搭載したバリエーション(TDM900A)もラインナップ。TDM850とは異なり、日本市場へ正式に導入されることはなく、海外専用モデルだった。中心となる欧州では、2012年モデルまでラインナップされた。※日本での販売は、ヤマハの海外向けモデルを輸入(逆輸入)するプレストコーポレーションによって行われた(南アフリカ仕様)。