1985年、CBR400F/エンデュランスがマイナーチェンジした(8/20)直後の8月31日に登場したのが、CBR400Fフォーミュラ3だった。その名称からも明らかなように、当時400ccクラスで競われれていたロードレース・TTフォーミュラ3を直接的にイメージさせたモデルで、シートは一人乗り専用のシングルシートが装備されていた。空冷直列4気筒DOHC4バルブエンジンや角断面パイプのダブルクレードルフレームなどはCBR400F/エンデュランスと同一ながら、ハンドル、ステップ類などには、質感の高いジュラルミン素材を使用していた。5,000台限定で販売された。