ドゥカティにおける「Sタイプ」は、ベースモデルに対しての上位モデルで、多くの場合は、904ccの空冷エンジンやフレームに違いはなく、外装と足回りがグレードアップされているものだった。モンスター900Sも、モンスター900をベースに、ビキニカウルを装備するなどしたモデル。なお、もともとは「モンスター900スペシャル」の頭文字をとって、900Sと表記されていたが、次第に、S表記が通常となっていった。2000年には、フューエルインジェクションを採用。2002年にはフレームもST系のラージフレームとなったが、高性能版モンスターの地位は、既に水冷916ccエンジンのモンスターS4(2001年-)のものとなっていた。アルミ製のスイングアーム、フロントフォークはフルアジャスタブルタイプを採用した。後継モデルは、2003年登場のモンスター1000Sとなった。