モンスター1000Sは、2003年に登場したモンスター1000の上級仕様として設定されたモデル。ドゥカティにとっての「S」タイプは、基本的に足回りの仕様をアップグレードしたモデルであり、モンスター1000Sもその例に漏れていない。スイングアームが軽量なアルミニウム製になり、前後のサスペンション(前:ショーワ/後:ザックス)は、プリロードと減衰力の調整が可能なフルアジャスタブルタイプに変更されていた。なお、搭載するエンジンは、モンスター1000と同じ、排気量992ccの空冷Lツイン2バルブ。シリンダーあたり2本の点火プラグを持つデュアルスパークエンジンのため、モデル名称に「DS」が付けられることがあった。DSの有無に関わらず、モンスター1000Sということになる。