1299パニガーレS アニベルサリオは、2016年7月にミサノサーキットで行われたWDW2016(ワールド・ドゥカティ・ウィーク2016)で発表されたスペシャルモデル。「記念」していたのは、ドゥカティ社の創業90周年。世界限定で500台のみが生産され、トップブリッジには、シリアルナンバーを記したプレートが配置されていた。基本的には、1299パニガーレSと同じ仕様ながら、トラクションコントロール、ウイリーコントロールは進化型のシステムを搭載。1299パニガーレ・シリーズとしては、唯一のコルセカラー採用モデルだった(スーパーレッジェーラを除く)。