2009年の新型モデルとして発売されたモンスター1100Sは、同時に登場したモンスター1100の上級仕様モデル。ドゥカティにおける「Sタイプ」は、標準モデルから足回りなどをグレードアップしたバリエーションであることが定例で、モンスター1100Sも、前後サスペンションに、オーリンズ製のフルアジャスタブルサス(プリロードも減衰力も調整可能)を採用し、カーボン製のフロントフェンダーが奢られ、フロントブレーキのディスクローターのインナー素材を軽量なアルミに変更するなどの違いがあった。また、ヘッドライトの上の小型バイザーも、標準モデルには装備されていなかった。排気量1,078ccの空冷Lツイン2バルブデュアルスパークエンジンやフレームなどは、標準モデルと共通。2010年モデルまで設定され、2011年には、標準モデルと統合されて、モンスター1100EVOへとバトンタッチした。