XR100Rは、1990年に発売され、2003年モデルまでラインナップされたオフロード走行専用車。HE03の型式と、排気量99.2ccの空冷4スト単気筒OHCエンジン搭載といった仕様は、10数年間変わらなかったが、モデル末期の2001年モデル(2000年11月発売)に、タンクシュラウドを装備するなどの外観イメージ変更を受けた(サスペンションストロークを延長もした)。5段リターン式ミッション、前後ドラム式(リーディングトレーリング)ブレーキ、フロント19インチ/リア16インチのホイールサイズも、一貫して変わっていない。なお、2004年モデル以降は、CRF100Fへと進化して、ラインナップされた。※ナンバープレート取得、公道走行はできない