1199パニガーレSは、2012年から2014年までラインナップされた1199パニガーレの上位モデルとして、同時に登場したスーパーバイク。1199パニガーレ・シリーズは、1198までのトレリスフレームにかえて、アルミモノコックフレームを採用し、エンジンもこれまで以上にビッグボア×ショートストローク型の「スーパークアドロ」になり、湿式クラッチ、ライドバイワイヤなどの新機軸を得て、ドゥカティ・スーパーバイクの新時代を拓いたモデルだった。そして、そのSタイプたる1199パニガーレSにも、新しい装備が採用されていた。その筆頭が、このクラスとしては初採用となる電子制御式のサスペンション(DES=ドゥカティ・エレクトロニック・サスペンション)。ライドバイワイヤ採用によって得た切り替え式の走行モードに合わせて自動的にサスセッティングも変更されるほか、好みを反映することも可能だった。また、市販車として初めて、LEDヘッドライトを採用したのも、Sタイプだった(ベースモデルはハロゲンライト)。マルケジーニ製のアルミ鍛造ホイールを履き、時速300km以上での安定性を高めるエアロキットも付属した。バリエーションモデルとして、ABSやDDA+(データアナライザー)を標準装備した「トリコローレ」も存在した(別項)。ABSはオプション設定。