FZ6 S2は、FZ6の上級モデルとして2007年に登場した。日本国内へは正式導入されず、「逆輸入車」というかたちで流通していた。YZF-R6系の水冷直列4気筒エンジンを搭載するところなど、基本構成はFZ6同様ながら、インジェクションマッピングの変更などによって、スロットルレスポンスなどが一層向上していた。フロントブレーキは、対向4ポッドのモノブロックキャリパーが採用された。メーターは、同年代のFZ1と同じ、アナログ回転計、デジタル速度計の組み合わせとなった。ハーフカウル装備のFZ6フェザーS2がランナップされたところも、FZ1と同じだった。2009年には、後継モデルとなるXJ6シリーズが登場し、FZ6のモデルヒストリーは終了した。