世界で最も過酷な耐久ラリーレイド、パリ=ダカール・ラリーで4度ものチャンピオンに輝き、世界的に高い評価を受けたR80G/S(1980年)の血統を受け継ぎ、熟成と進化を遂げた本格的なエンデューロ・マシン。エンジンは排気量を1000(980)ccのフルサイズへ拡張し、最高出力は必要十分に抑えつつ、低回転から豊かなトルクを発生するGS専用チューニングが施される。リアサスペンションにはBMW Motorradの特許であるパラレバー・サスペンションを装備し、前後ホイールにはチューブレス・タイヤが装着可能なまったく新しい独自のクロス・スポーク・ホイールを採用。オフロードでのスポーツ走行と、アドベンチャーやレジャーを目的とする貪欲なライダーの望みを叶えるマルチ・パーパス・モーターサイクルとなっている。1993年にマイナーチェンジが施され、ハンドルマウントのフロントマスクがフレームマウントの大柄なフェアリングへと変更、より高速走行を意識した造りとなり、その年を境にR100GSは前期型と後期型に分けられる。