ハイパーモタード939は、2016年に登場した新しいハイパーモタード・シリーズ中のベーシックモデル。前身のハイパーモタード(821)から搭載するようになっていた水冷のテスタストレッタ11°エンジンのボアを拡大し(ストロークは不変)、排気量を937ccまで拡大していた。なお、このスケールアップは、最高出力向上を図るのが主目的ではなく、欧州の新しい排出ガス規制(当時)のユーロ4をクリアするためだった。ライドバイワイヤ(RbW)の採用と、「スポーツ」「アーバン」「ツーリング」のライディングモード選択、ABSやトラクションコントロールなども、ハイパーモタード(821)ゆずり。登場時には、SPモデル(ハイパーモタード939SP)とハイパーストラーダ939がラインナップされた。2018年モデルまで設定され、翌年には後継モデルとしてハイパーモタード950が登場した。